הסיכון המרכזי הכרוך בהשתלת שיער הינו הסיכון הכרוך בכל הליך רפואי באשר הוא, חשש להיווצרות זיהומים. כמו כן קיים סיכון של אי קליטת השתלים בצורה מלאה או גרימת נזק לאזור התורם במידה והטיפול לא מתבצע בהתאם לפרוטוקול רפואי מקצועי ומלא.